Het Universiteitsmuseum heeft collecties op het gebied van anatomie, psychologie, etnologie en natuurwetenschappen. Daarnaast beheert het museum een collectie kunsthistorische objecten. Vroeger was dit gebouw de bibliotheek. In de grote leeszaal stonden lange leestafels en eikenhouten wandkasten waarin de boeken werden opgesteld.
Tegenwoordig worden de wandkasten gebruikt om instrumenten en voorwerpen uit de collectie van het museum te tonen. Ook zijn er kasten met een indrukwekkende collectie stenen en mineralen te vinden, voornamelijk afkomstig uit voormalige instituten van de universiteit.
Twee unieke objecten
In het depot van het Universiteitsmuseum ligt de oprichtingsakte van de Rijksuniversiteit uit het jaar 1614. Ubbo Emmius liet zevenhonderd exemplaren drukken en stuurde deze naar alle steden in de nog jonge Republiek der Nederlanden.
Ubbo Emmius heeft daarbij een mooi citaat opgeschreven over Groningen: [Dat Groningen de perfecte] 'woonplaats van de Muzen zou zijn. Want de bekoorlijke ligging ervan is vermaard, de lucht zuiver en heilzaam, de voedselvoorziening van elk soort overvloedig en gemakkelijk en er is een grote rijkdom aan gerieflijke gastverblijven en andere zaken die daarop betrekking hebben.'
Een ander belangrijk voorwerp in het Universiteitsmuseum is het oudste object van de universiteit: een pedelstaf. Een pedelstaf wordt gebruikt bij promoties, oraties en andere bijzondere gelegenheden aan de universiteit. Deze staf is voorzien van de naam van Ubbo Emmius en een Latijnse spreuk: 'Het woord des Heren is een lamp voor onze voeten.' Op de staf staan illustraties van drie van de zeven deugden: Justitia (=rechtvaardigheid), Prudentia (= voorzichtigheid, wijsheid) en Tempera(n)tia (=gematigdheid). Bovenop de pedelstaf staat de beeltenis van Minerva, als godin van de wijsheid.
